Kuitenkin myös PE-pussien kierrätyksessä ja hyödyntämisessä on haasteita. Ensinnäkin PE-pussien kierrätyskustannukset ovat korkeammat. Koska PE-pussit ovat luonnostaan ​​ohuita ja kevyitä ja satunnaisen hävittämisen ilmiö on laajalle levinnyt, tämä johtaa kierrätysprosessin monimutkaisuuteen ja kustannusten nousuun. Toiseksi ihmisten tietoisuus PE-pussien kierrätyksestä ei ole tarpeeksi vahva. Joskus ihmiset sekoittavat PE-muovipusseja muihin jätteisiin, mikä vaikeuttaa kierrätystyötä. Siksi on erittäin tärkeää vahvistaa PE-kassien kierrätykseen ja hyödyntämiseen liittyvää julkisuutta ja koulutusta sekä lisätä yleisön tietoisuutta ympäristönsuojelusta.